Como os contigs são montados em andaimes?
Como os contigs são montados em andaimes?
Anonim

Ao criar um esboço do genoma, as leituras individuais de DNA são as primeiras montado em contigs , que, pela natureza de seus conjunto , têm lacunas entre eles. O próximo passo é para então preencha as lacunas entre estes contigs para criar uma andaime . Isso pode ser feito usando mapeamento óptico ou sequenciamento de pares de pares.

Da mesma forma, você pode perguntar: o que são contigs e scaffolds?

UMA andaime é uma porção da sequência do genoma reconstruída a partir de clones shotgun de genoma completo sequenciados no final. Andaimes são compostos de contigs e lacunas. UMA contig é um comprimento contíguo de sequência genômica em que a ordem das bases é conhecida com um alto nível de confiança. Em alguns casos, andaimes pode se sobrepor.

Além disso, o que é contigs em bioinformática? UMA contig (de contíguo) é um conjunto de segmentos de DNA sobrepostos que juntos representam uma região de consenso do DNA. Contigs pode, portanto, referir-se tanto a sequência de DNA sobreposta quanto a segmentos físicos (fragmentos) sobrepostos contidos em clones, dependendo do contexto.

Nesse sentido, como os contigs são montados?

O conjunto da sequência de DNA sobreposta de fragmentos de DNA é conhecido como um contig . Contig mapeamento é um processo pelo qual clones sobrepostos são montado para sequenciar essa sobreposição. Isso envolve organizar o contigs em ordem e orientação. Clone contigs pode ser automaticamente montado usando suas sequências BAC-end.

Por que os contigs são importantes?

Contig montagem é um importante etapa na montagem do genoma. Para mapeamento, clones sobrepostos são montados para sequenciar essa sobreposição. Cada fragmento é clonado em um vetor e sequenciado de ambas as extremidades para produzir um comprimento de sequência de aproximadamente 600–700 bp. A sequência de ambas as extremidades do fragmento de DNA é chamada de extremidade de par.

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