2025 Autor: Miles Stephen | [email protected]. Última modificação: 2025-01-22 17:07
Ao criar um esboço do genoma, as leituras individuais de DNA são as primeiras montado em contigs , que, pela natureza de seus conjunto , têm lacunas entre eles. O próximo passo é para então preencha as lacunas entre estes contigs para criar uma andaime . Isso pode ser feito usando mapeamento óptico ou sequenciamento de pares de pares.
Da mesma forma, você pode perguntar: o que são contigs e scaffolds?
UMA andaime é uma porção da sequência do genoma reconstruída a partir de clones shotgun de genoma completo sequenciados no final. Andaimes são compostos de contigs e lacunas. UMA contig é um comprimento contíguo de sequência genômica em que a ordem das bases é conhecida com um alto nível de confiança. Em alguns casos, andaimes pode se sobrepor.
Além disso, o que é contigs em bioinformática? UMA contig (de contíguo) é um conjunto de segmentos de DNA sobrepostos que juntos representam uma região de consenso do DNA. Contigs pode, portanto, referir-se tanto a sequência de DNA sobreposta quanto a segmentos físicos (fragmentos) sobrepostos contidos em clones, dependendo do contexto.
Nesse sentido, como os contigs são montados?
O conjunto da sequência de DNA sobreposta de fragmentos de DNA é conhecido como um contig . Contig mapeamento é um processo pelo qual clones sobrepostos são montado para sequenciar essa sobreposição. Isso envolve organizar o contigs em ordem e orientação. Clone contigs pode ser automaticamente montado usando suas sequências BAC-end.
Por que os contigs são importantes?
Contig montagem é um importante etapa na montagem do genoma. Para mapeamento, clones sobrepostos são montados para sequenciar essa sobreposição. Cada fragmento é clonado em um vetor e sequenciado de ambas as extremidades para produzir um comprimento de sequência de aproximadamente 600–700 bp. A sequência de ambas as extremidades do fragmento de DNA é chamada de extremidade de par.
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